Ja, bueno esa es la idea la mejor calidad posible con el menor peso posible.
Uso Handbrake 0.10.1, además de paciencia ja.
Uso Handbrake para encodear de mkv a mp4 ya sean películas, series o animes y para encodear de mp4 a mp4 uso Bencos. Lo ideal es encodear desde el archivo fuente en este caso esos mkv pesados de 1 o más GB por epi, ojo, que sean básicamente RAWs multiplexeadas con los subs pero bueno eso ya es otro tema, de hecho hay un tema en el foro hecho por mi mismo
http://kjanime.net/foro/index.php?topic=591.0 que dije y mantengo, estoy por actualizar ya que en ese entonces usaba la versión .9.9 así como otras formas de encodear que actualizaré junto con como encodear pelis y series además del animu.