La historia de Guilty Crown empieza en el 2029 cuando el "Virus Apocalipsis" se extiende, y hunde a Japón en un estado de caos, período al que se le conoce como "Lost Christmas" (La Navidad Perdida). Este caos es producido por un virus provocado por un meteorito que impacto en la tierra, y la causante de la epidemia apocalíptica fue Mana. En el comienzo de la epidemia "Lost Christmas" estuvieron involucrados Shu, Gai y el padre de Shu..... Después de la tragedia una organización internacional conocida como GHQ (Cuartel General) interviene aplicando la ley marcial y restaura el orden a Japón a costa de su independencia.
Diez años después en 2039, Shu Ouma un joven de instituto de 17 años, conoce a Inori Yuzuriha, la vocalista de Egoist, mientras visitaba uno de sus sitios favoritos de camino a casa. Shu es un gran fan de Inori, una cantante quien ha tomado el mundo de internet por asalto. Sin embargo, él también descubre el otro lado de ella. También es miembro de los "Undertakers" (traducido como "La Funeraria" o "Los Sepulteros"), un grupo de resistencia cuyo objetivo es liberar a Japón del GHQ.
Shu empieza a tomar parte en las acciones de los "Undertakers" cuando "el poder del rey" aparece en su mano derecha gracias a Inori. Esta "marca" le otorga el poder de materializar el corazón de las personas en armas y poder usar su poder para defender lo que más quiere sin tomar en cuenta las consecuencias de este.