En un futuro lejano, la humanidad ha adoptado el sistema de Fractale como el camino definitivo hacia la utopía. Se compone de varios billones de ordenadores conectados en red, Fractale fue creado en el siglo 22 para promover un estilo de vida tranquilo para todo el mundo a cambio de una recuperación periódica de los datos personales de los individuos a través de terminales situadas dentro de sus cuerpos. Vivir en una región rocosa costa, Clain es un joven fascinado por la tecnología antigua. Después de ayudar a una chica llamada Friné, ella le da un colgante antes de desaparecer por la mañana siguiente. Cómo acceder a los datos desde el don peculiar, Clain termina convocando un avatar con forma de niña con nombre de Nessa. Juntos comienzan un viaje a medida que descubren la verdad detrás del sistema de Fractale