La historia tiene lugar en una ciudad ideal conocido como "Nº 6". Shion, un niño criado en el entorno de la élite y privilegiada de su casa, da cobijo a otro chico, que solo da como nombre "Nezumi", durante su cumpleaños número 12. Después de pasar una noche lluviosa con su nuevo amigo, Shion descubre a la mañana siguiente que Nezumi lo ha dejado y desapareció sin dejar rastro. Cuatro años después, Shion experimenta una serie de incidentes en torno a él, en la que una infección mortal por unas abejas parásitas que hace envejecer muy rápidamente a sus víctimas. El compañero de trabajo de Shion es una de las víctimas y Shion es arrestado bajo sospecha de ser rebelde. Mientras Shion es transportado al Instituto Correccional, Nezumi aparece y lo rescata. Luego de eso, Shion comienza a descubrir la verdad oculta detrás de la Ciudad Ideal No.6.