Esta entrega presenta a Simon Belmont como protagonista una vez más y toma lugar en el año 1698, siete años después del primer videojuego original de la saga Castlevania, del cual es una secuela directa.

Es el año 1698, han transcurrido siete años después de que Simon Belmont derrotó originalmente al malvado Conde Drácula.

Después que Simon descargo su golpe de gracia final contra el Príncipe de las Tinieblas, el conde lanzó una maldición oscura sobre él que lo enviaría a una muerte prematura a menos que Simon lo reviviera. Por otro lado, los secuaces de Drácula se agitan una vez más por toda la tierra de Transilvania, devastando muchos pueblos y aterrorizando a los lugareños.

Simon toma el látigo legendario Matavampiros (Vampire Killer) una vez más, y viaja a través de todas las tierras hacia las ciudades de Jova, Veros, Aljiba, Aldora, Oldon, Fetra y Ghulash para liberar a sus habitantes y buscar su ayuda en su búsqueda de la partes del cuerpo del conde que fueron ocultadas en cinco mansiones oscuras diferentes por toda la tierra (Berkeley, Rover, Brahms, Bodley y Laruba).

Una vez que todas las partes del cuerpo de Drácula estaban en su lugar, Simon las llevó al hogar ancestral del Conde, el Castillo de Drácula, para poder revivirlo y entonces luchar contra él una vez más, esta vez terminando con él para siempre (o así lo creyeron todas las personas, aunque Drácula regresaría más tarde en el siglo XVIII)...

Entorno de Castlevania II: Simon's Quest difiere del castillo lineal del primer videojuego, y es en cambio un paisaje abierto intercalado por pueblos, cementerios, mansiones y mazmorras. El transcurso del tiempo en el videojuego hace que el día se convierta noche y viceversa. Los enemigos son más fuertes durante la noche, los zombis deambulan en las ciudades, y los habitantes del pueblo no se encuentran por ningún lado, ya que están escondidos de los monstruos dentro de sus casas. Como novedad en la serie aparecen varios elementos RPG, como un inventario y un sistema de niveles que hace que la salud de Simon se incremente cada vez que se acumula una cantidad específica de los corazones. Durante el día, la gente del pueblo ofrecen pistas (aunque el jugador tenga cuidado: algunos de estos "consejos" son en realidad verdades a medias o completas mentiras), y los comerciantes venden artículos, tales como actualizaciones de látigo, a cambio de corazones. La cantidad de tiempo que se tarde en completar el juego influye en cual de los finales obtendrá Simon.

Las armas secundarias regresan desde el videojuego Castlevania original. Las antiguas armas incluyen la Daga (Dagger) y Agua Bendita (Holy Water), mientras que los más nuevos incluyen al Diamante Rebotador (Bouncing Diamond) y Laureles (Laurel) de invencibilidad. Restos de Drácula también ofrecen ventajas de estadísticas una vez vez que son recolectadas, como la inmunidad al veneno.

Mecánicas internas del videojuego
El formato para indicar (en el videojuego) el tiempo es DÍAS: HORAS: MINUTOS.
El primer ciclo de la noche comienza exactamente a las 18:00 PM y termina en el día 01, 6:00 AM (hora del videojuego).
Cada ciclo de la noche comienza a las 18:00 PM y dura hasta las 6:00 AM del día siguiente.
Cada ciclo de día comienza a las 6:00 AM y dura 12 horas (tiempo del videojuego).
El tiempo de juego no transcurre mientras se encuentra dentro de una iglesia, dentro de un edificio en la ciudad, o en una de las mansiones.
El tiempo de juego sí transcurre si se está en la parte exterior de los pueblos, o "en terrenos salvajes".
Cada vez que se obtiene un nivel, habrá ciertos enemigos que no otorgaran más puntos de experiencia (pero todavía se podrá obtener los corazones por medio de estos).

Pueblos
Los distintos pueblos que visitas a lo largo del juego son los siguientes:
Jova
Veros
Aljiba
Aldora
Oldon
Fetra
Ghulash

Mansiones
Las cinco mansiones donde se encuentran las cinco reliquias de Drácula son las siguientes:
Mansión Berkeley
Mansión Rover
Mansión Brahm
Mansión Bodley
Mansión Laruba
Castillo de Drácula

Secuencias finales
Este videojuego dispone de tres secuencias finales diferentes, determinados por la cantidad de tiempo que el jugador tardo en completar el videojuego y la cantidad de continuaciones ('continues') que se utilizaron. Los tres son variaciones de la misma secuencia final, pero con diferentes giros destacados.

Final malo
Completa el videojuego en 15 días a más.

Ni Drácula ni Simon sobreviven a la batalla.

Se muestra la tumba de Drácula y aparece un texto aparece diciendo al jugador que "La batalla se ha consumado. Ahora la paz y la serenidad han sido restauradas en Transilvania y la gente es libre de la maldición de Drácula para siempre. Y tú, Simon Belmont, siempre seras recordado por su valentía y coraje".

Final normal
Completa el videojuego entre 8 o 14 días.

Simon derrota a Drácula, pero finalmente sucumbe ante la maldición de todos formas.

Simon se arrodilla junto a la tumba de Drácula y un texto aparece diciendo al jugador que "A pesar de la confrontación entre Simon y Drácula ha concluido, Simon no pudo sobrevivir a sus heridas mortales. Única esperanza de Transilvania es un joven que triunfara sobre el mal y liberara a la ciudad de la maldición mortal de Drácula".

Final bueno
Simon se arrodilla junto a la tumba de Drácula y un texto aparece diciendo al jugador que "El encuentro contra Drácula se termino. Simon Belmont ha puesto fin a la oscuridad eterna en Transilvania. Su sangre y sudor han calado hondo en la tierra y provocarán la magia y la felicidad para los que caminan sobre esta tierra". Simon se aleja de la tumba, pero esa noche la mano Drácula emerge a través de la tierra.