El jugador toma el rol de Kenny Smith, nombre en clave "Dead Fox", un agente del Regimiento 98° de Fuerzas Especiales. Él es asignado por su Comandante, Director Jones, a investigar un enorme Sindicato de drogas el cual opera en toda Sudamérica. El objetivo de Smith es el de rescatar un agente prisionero el cual le dará una bomba para destruir la puerta de entrada al próximo nivel, rescatar a otros rehenes civiles y descubrir pistas del verdadero autor intelectual del Sindicato.

El modo de juego es similar al del juego de Namco lanzado en 1986 Rolling Thunder. Como en Rolling Thunder, el jugador puede saltar o bajar entre pisos manteniendo pulsados los botones arriba o abajo presionando al mismo tiempo el botón de salto, También puede abrir puertas para encontrar "power ups" o simplemente esconderse de sus enemigos. El jugador puede estar armado con una de dos armas (una pistola estándar o una ametralladora semi-automática para un continuo poder de fuego). Items incluyen munición adicional para cualquier tipo de arma, salud extra, extensión de tiempo, y vidas extra!. A diferencia de Rolling Thunder, el jugador si puede disparar mientras salta e incluso puede cambiar de dirección mientras esta a media altura.

Otra diferencia entre Rolling Thunder y Dead Fox es el agregado del énfasis en el rescate de rehenes. A lo largo de las primeras siete etapas, el jugador puede encontrar los civiles capturados tras ciertas puertas, que ofrecerán al jugador su gratitud. Sin embargo, si el jugador tarda demasiado tiempo en rescatar a algunos rehenes, se topara con el macabro hallazgo de los esqueletos. Para completar cada una de las siete primeras etapas, el jugador debe rescatar a un comando capturado que proporcionará las granadas necesarias para volar la obstrucción que bloquea la salida al final de cada etapa.

La fuerza y los patrones de ataque de los soldados enemigos estándar que el jugador se enfrentará es determinado por los colores de su vestimenta.​ Además de los soldados enemigos estándar, los jugadores se enfrentarán a otros adversarios como francotiradores, hombres rana, y maníacos.​ Hay un total de ocho etapas, con tres niveles de dificultad.

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