De rápido abres el vídeo con la opción "source" "open file" después  donde dice Subtitles le das a la opción Add(agregar) como es un MKV sólito va a reconocer los subs. como los hallan y nombrado ya ses spanish o unknow salen tres opciones "forced only" "burn in" y "default" marca el segundo "burn in "  configura usando kbps ya que no tiene una opción con MB como Bencos  así que ponle unos 320kbps/340kbps en video h264 y 64kbps en audio AAC(faac) estéreo  para audio que es lo mínimo que deja, para tener  un archivo de entre 62MB y 70MB dependiendo de la duración del episodio.

Hay mas cosas que pueden causar confusión o problemas pero ya lo comentare en el tuto me apurare en hacerlo, usa como referencia los primeros 110 capítulos de Hunter x Hunter(2011) que publique, con ellos use HB checa sus propiedades en vídeo y audio como referencia.

Por cierto se me olvidaba esto es importante no tienes que esperar tres horas para ver si sirve usa la opción de preview te sale de cuanto quieres que sea la vista previa ponle 30 segundos o 1 minuto obviamente ya con la configuración que escojas y los subtitulos marcados con "burn in" te dara una vista previa de los primeros 30 segs. del capitulo u otra parte del vídeo.

Ya que es vista previa usa un encode rapido en medium o fast para ver si pega los subs o no.

jeje bueno espero no tardar