Spoiler
Después de pasar el primer nivel hay un mapa para seleccionar los niveles, aunque, a diferencia del juego anterior, The Flintstones: The Rescue of Dino & Hoppy, donde había dos niveles para elegir, en este juego, los niveles suelen seguir un orden. En el mapa encontraremos zonas secretas para jugar minijuegos: Hockey y Baloncesto.
El primer nivel es muy sencillo y no tiene jefe final.
El segundo nivel es una selva con árboles y monos. Los monos son enemigos. También hay agua, con cocodrilos que nos harán saltar alto con su boca para llegar al punto siguiente. El jefe es un dinosaurio tricerato, que no parará de caminar de un lado a otro. Si lo golpeas, se molestará y saldrá corriendo para intentar clavarte sus cuernos.
El tercer nivel es una cueva con cintas giratorias, que pueden girar a la izquierda o a la derecha. El jefe es un león con un bate, pero sólo está parado en un punto sin moverse, y golpeará la tierra mientras caen rocas. Con el bate intentará detener los objetos que le lances para golpearle. Tienes que intentar pegarle en la cabeza.
El cuarto nivel es un nivel recorrido en una tabla de Surf, con peces, aves... que intentarán golpearte. No hay jefe final en este nivel.
El quinto nivel es similar al primero, con la misma música y detalles parecidos. Este nivel posee más obstáculos y jefe. Es un mono que se colgará de una cinta giratoria para lanzarte cosas extrañas.
El sexto nivel es algo parecido a una casa, con réplicas de tazas y otras cosas. Deberás recorrer la última parte del nivel bajo el agua. El jefe es una araña colgada de un hilo que te lanzará telarañas cada vez que baje.
El séptimo nivel es una casa embrujada con entradas a las que deberás entrar abriéndolas con un aparato saltando y sujetándote de él para impulsar hacia abajo. Debes entrar rápido para poder ir al siguiente punto del nivel antes de que la puerta se cierre. Hay fantasmas a los que puedes golpear, pero son indestructibles. El jefe es una bruja, que te lanza un hechizo para encogerte y luego se teletransporta.
El octavo nivel es el último camino hacia el volcán. El pterodáctilo te llevará volando. No hay jefe en este nivel.
El noveno nivel consiste en escalar el volcán hasta llegar a la cumbre. El jefe es un dinosaurio que escupirá fuego, y de vez en cuando, la lava del volcán lo levantará, y debes tener cuidado dónde caiga.
En el décimo nivel y último, te encuentras dentro del volcán. encontrarás pequeños dragones que te atacarán(cuidado con los barriles que tengan dragones dentro), deberás pasar por debajo de techos llenos de pinchos, evitarás rocas que te perseguirán, e incluso hay una parte en la que te encuentras al jefe del nivel 3, y debes derrotarlo. En este nivel hay dos jefes: el primero es el jefe del nivel anterior, que escupirá fuego de forma insistente. Luego de derrotarlo, aparecerá el último jefe del juego, que es el dinosaurio que debe detener la erupción. Evita las bolas de fuego que te escupa e intenta golpearle en el hocico hasta acabar con él y con el juego.